Este blog está asociado a las páginas web de las asignaturas de Microbiología del Grado de Biotecnología y del Grado de Ciencias Ambientales de la UMH.





Inicialmente era usado para publicar los resúmenes divulgativos de los trabajos presentados en clase, pero ahora se va a usar la cuenta de twitter para eso. Así que este blog va a permanecer como un espacio para la reflexión sobre el funcionamiento de la asignatura.


También podrás encontrar diversas páginas y blogs relacionados con el mundo de la Microbiología. El material que se presenta en ellos puede ser utilizado en clase.


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viernes, 26 de mayo de 2017

Pediocina recombinante en Lactococcus lactis: incremento de su producción mediante la fusión de un propéptido y la mejora de su potencia por coproducción con PedC.


Las bacteriocinas son unas toxinas proteicas sintetizadas por ribosomas de las bacterias del ácido láctico capaces de inhibir el crecimiento de bacterias similares o cepas cercanas. Se utilizan en los alimentos como conservantes biológicos y actualmente son candidatos a producir medicamentos. Como bioconservantes, pueden añadirse a los alimentos siguiendo tres estrategias diferentes: in situ, directamente en una forma purificada o semipurificada y, como producto a partir de la fermentación de una cepa productora de bacteriocinas. Un ejemplo de bacteriocina es pediocina PA-1.
El uso industrial de las bacteriocinas requiere procesos eficientes, pero la baja tasa de producción puede afectar la aplicación de bacteriocinas. Para paliar esto, se han diseñado dos posibles soluciones:
-La expresión heteróloga es una estrategia eficaz para mejorar los rendimientos de la producción de bacteriocina. Se uilizó Lactococcus lactis para producir bacteriocinas como la PA-1, y podría ser utilizada como huésped para la producción a gran escala. Además, debido a su estado estable y seguro, L. lactis es una bacteria interesante para la administración in vivo de bacteriocinas con fines probióticos o para alimentos fermentados.
-Mejorar la etapa de secreción y por lo tanto la productividad global, es reemplazar el péptido señal de tipo silvestre del recombinante por el péptido señal Usp45 (SPusp45), permitiendo así la secreción de la pediocina PA-1. El estudio de la producción de proteínas recombinantes en L. lactis mostró que la inserción del péptido LEISSTCDA (o propéptido SD) entre el péptido señal y la proteína recombinante NucB, permitió aumentar la producción de NucB.
La pediocina PA-1 es un modelo de bacteriocina de clase IIa (que son bacteriocinas producidas por las bacterias de ácido láctico), producido por diversas cepas de Pediococcus y Lactobacillus. Esta bacteriocina muestra actividad antibacteriana frente a un gran espectro de patógenos que producen infecciones alimentarias y bacterias Gram positivas capaces de producir el deterioro de los alimentos. Afectan  tanto a la permeabilidad de la membrana como al potencial. La pediocina PA-1 madura consiste en un péptido de 44 aminoácidos que contiene cuatro residuos de cisteínas enlazados en dos puentes disulfuro.
El objetivo de este proyecto fue investigar la eficiencia de una producción heteróloga (producción de proteínas recombinantes) de pediocina en Lactococus lactis a los niveles cuantitativos y cualitativos con un enfoque especial en la secreción de la proteína y la modificación post-traduccional.
Experimento
Para llevar a cabo el experimento, se diseñaron 3 plásmidos con el objetivo de producir tres pediocinas recombinantes diferentes. Estos plásmidos dirigían la secreción de las pediocina PA-1 recombinantes fusionadas, y que presentarían el péptido SD y LEISSTCDA en el N-terminal respectivamente. Los tres plásmidos fueron usados para transformar L. lactis. Las cepas resultantes fueron cultivadas con el objetivo de producir las pediocinas recombinantes.


Observando el producto de cada cepa, se llegó a la conclusión de que todas producían aproximadamente la misma cantidad de biomasa. La concentración de cada pediocina recombinante fue medida mediante el método ELISA.


Tras algunas determinaciones, se observó que la producción específica de pediocina por L. lactis es aproximadamente 20 veces más eficiente que la producción de pediocina del fenotipo silvestre.
Los resultados muestran así que los propéptidos (proteína inmadura) SD y LEISSTCDA permiten un aumento de 1,5 veces la producción de pediocinas recombinantes secretadas.
A continuación, se evaluó la actividad antibacteriana de los sobrenadantes mediante ensayo de difusión de pocillo de agar utilizando Carnobacterium maltaromaticum como cepa diana. Se obtuvieron áreas de inhibición a partir de los sobrenadantes de cultivo de las tres cepas L. lactis pero no se obtuvo inhibición con el cultivo sobrenatural de la cepa de control.

La potencia de las pediocinas recombinantes producidas en L. lactis se comparó con la pediocina de tipo silvestre producida por Pediococcus acidilactici. Sorprendentemente, la pediocina de tipo silvestre PA-1 producida a partir de P. acidilactici exhibió un valor 30 veces más activo que las pediocinas recombinantes.
Este resultado sugiere que la estructura de las pediocinas recombinantes es diferente de la pediocina de tipo silvestre. Aunque se describe que las bacteriocinas de clase IIa no están modificadas postraduccionalmente, todas exhiben al menos un enlace disulfuro. Se conoce que los enlaces disulfuro son importantes para la actividad antibacteriana de la pediocina PA-1. Por ello,  se planteó la hipótesis de que existen enzimas que podrían permitir la formación correcta de enlaces disulfuro en productores de bacterias PA-1 de pediocina de tipo silvestre. Los últimos estudios han demostrado que las tiol-disulfuro oxidorreductasas (TDOR) están implicadas en la maduración postraduccional de las bacteriocinas.
El análisis de secuencias de la pediocina PA-1 reveló que pedC codifica una supuesta proteína que es secretada. Por lo tanto, se puede plantear la hipótesis de que PedC es un TDOR y permite la formación de enlaces disulfuro nativos de la pediocina PA-1. Por lo tanto, se llevó a cabo un experimento de inhibición con cepas transformadas con PedC con el fin de comprobar si este propéptido mejoraba la producción de la pediocina.


La secuencia de codificación de pedC se clonó y el plásmido resultante se usó para transformar L. lactis. Paralelamente, la misma cepa receptora  se transformó, y la resultante se usó como control. Los ensayos de inhibición dieron lugar a halos de inhibición del crecimiento más amplios para la cepa transformada (A y C) con pedC que para la cepa control (B y D). Usando como cepa receptora Carnobacterium maltaromaticum y añadiendo al centro las cepas de L. lactis.


Estos resultados muestran que, incluso si se producen cantidades menores de pediocina recombinante, se obtiene una actividad más alta con la cepa coproduciendo la pediocina recombinante y PedC. Además, PedC permite aumentar la potencia antibacteriana de la pediocina recombinante en L. lactis.



Discusión de las diferentes hipótesis
Los propéptidos SD y LEISSTCDA no tuvieron ningún impacto significante en la actividad específica antibacteriana de la pediocina PA-1. Añadiendo residuos de aminoácidos al N-terminal de las bacteriocinas de clase IIa se pueden tener varios impactos en la potencia y en la ingeniería de péptidos. Esto implica que fusiones de péptidos en el N-terminal requerirán comprobar el impacto en la potencia antibacteriana de las bacteriocinas que se parecen a la pediocina.
Se mostró que  todas las pediocinas recombinantes eran menos activas que la pediocina PA-1 silvestre producida por P. acidilactici. Se hicieron hipótesis sobre si las bacterias recombinantes deben estar sujetas a autosegregación o degradación. Otra hipótesis puede estar ligada al hecho de que la pediocina PA-1 tiene dos enlaces disulfuro. El enlace disulfuro del N-terminal se conserva en las bacteriocinas de la clase IIa, mientras que el enlace disulfuro C-terminal está menos conservado y es importante tanto para el espectro de pediocina PA-1 como para la estabilidad de dentro de la membrana bacteriana. Cuando la producción heteróloga de la pediocina PA-1 se lleva a cabo usando Lactobacillus sakei, se forman enlaces disulfuro no nativos.  Se hipotetizó que se formaba cisteína similar por error en la pediocina PA-1 producida en L.lactis.
El análisis secuencial del operón reveló que pedC podría codificar una proteína con un posible papel en el estado de los enlaces disulfuro de la pediocina PA-1. En el estudio, la coproducción de PedC y la proteína recombinante permitieron la producción de una bacteriocina con una mayor potencia. Aunque PedC se describe como una proteína accesoria de transporte, se concluyó que era esencial para la secreción tanto en Pediococci como en E. coli. Sin embargo, como la cantidad de PA-1 producida no fue medida, aún no está claro si la ausencia de actividad detectada en este estudio fue debida a la disminución de la eficiencia de secreción y/o a la potencia.
Otro estudio demostró que PedC fue suficiente para permitir la segregación de pediocina PA-1 en E.coli. Los resultados apoyaron que PedC aumentaba la potencia de pediocina PA-1. Los análisis secuenciales mostraron que los genes homólogos pedC están genéticamente ligados a genes que codifican la bacteriocina sugiriendo que TDORs eran funciones críticas para estas bacteriocinas. Otros dos estudios revelaron el papel de TDORs en la potencia de bacteriocinas pertenecientes a otras clases.
Conclusión
Este estudio reveló que el modelo de la pediocina PA-1 de la clase IIa de las bacteriocinas es lo suficientemente flexible como para tolerar fusiones por el extremo N-terminal. Esta propiedad fue usada aquí para mejorar la secreción eficiente y para poder ser también usada para otros propósitos como ingeniería genética de innovar compuestos antibacterianos. Este trabajo reveló que la sola expresión del gen estructural de la clase IIa de pediocina PA-1 en un hospedador heterólogo, podría no ser suficiente para obtener una actividad antibacteriana óptima. También se observó que PedC podría ser de utilidad para mejorar la actividad de bacteriocinas recombinantes, probablemente por el aumento de la concentración de enlaces disulfuro correctos que contienen los péptidos (su función silvestre es la formación de puentes disulfuro en PA-1).

Artículo: Microbial Biotechnology: Recombinant pediocin in Lactococcus lactis: increased production by propeptide fusion and improved potency by co-production with Ped.
Autores: John Wiley & Sons Ltd.


Trabajo realizado por:
Gema Beltrán Moya, Javier Fernández Fernández, Marina Jiménez Martínez, Miguel Ángel Pertusa Barberá y Daniela Martínez González

martes, 23 de mayo de 2017

Deja que Leuconostoc mesenteorides cuide de ti



CAPACIDAD TECNOLÓGICA Y APLICACIONES DE CEPAS BIOACTIVAS AISLADAS DE LECHE CRUDA DE CAMELLO ARGELINO


Los probióticos han sido siempre el gancho comercial más recurrido en cuanto a la venta de lácteos y productos digestivos, mayormente yogures, bajo el pseudónimo de reguladores de la flora intestinal y con el lema de “sentirte mejor por dentro”; pero ¿qué son realmente? ¿Cuál es su modo de actuación?


Los alimentos probióticos son alimentos con microorganismos vivos adicionados que permanecen activos en el intestino, en cantidad suficiente como para alterar la microbiota intestinal del huésped. Ingeridos en cantidades suficientes, pueden tener efectos beneficiosos. La Organización Mundial de la Salud (OMS) definió los probióticos como «Microorganismos vivos que, cuando son suministrados en cantidades adecuadas, promueven beneficios en la salud del organismo hospedador». 



El tema de estudio del artículo consiste en la posibilidad de la actuación de la leche de camello como probiótico debido al descubrimiento en ella de cepas bacterianas con propiedades probióticas.

Figura 1.  Leuconostoc mesenteroides como potencial probiótico



Estas cepas bacterianas son bacterias ácido lácticas (LAB). Éstas han sido importantes en el ámbito de la alimentación durante siglos debido a sus diferentes contribuciones a los productos alimenticios. Gracias a varios metabolitos que producen (ácidos orgánicos, sustancias conservantes, polisacáridos, vitaminas, endulzantes...) estas bacterias contribuyen al sabor, olor, textura, valor nutricional, etc. de los alimentos. 

Mediante el estudio de muestras de leche de camello se determinó que ciertas cepas presentes en la leche (B7 y Z8 de Leuconostoc mesenteroides subespecie mesenteroides) tenían una alta capacidad de inhibir el crecimiento de Listeria spp, un género de bacterias en las que ciertas especies son patógenas, y Staphylococcus aureus que también puede producir una gran gama de enfermedades.  




Figura 2. Representación del logaritmo del número de células (log N) versus el tiempo de cultivo. Se observa una disminución del crecimiento de las bacterias patógenas en cultivos mixtos debido a las bacteriocinas de L. mesenteroides




Así mismo se observó que la cepa B7 de L. mesenteroides producía una bacteriocina (proteína producida por bacterias que inhibe el crecimiento o mata otras bacterias) que fue identificada como leucocina B; una bacteriocina que inhibe el crecimiento de un amplio espectro de bacterias.


Por otra parte se determinó que las dos cepas de Leuconostoc mesenteroides exhibían un marcado perfil probiótico mostrando una alta supervivencia a pH bajo (2-3 y 4) en presencia de 0.5%, 1%, y 2% de sales biliares y de 3 mg/mL de pepsina (estas dos últimas siendo sustancias presentes en el tracto digestivo que con frecuencia impiden la supervivencia de ciertos microorganismos no adaptados). 

Figura 3. Estudio del número de células (indicado en UFC/mL) de las cepas B7 y Z8 de L. mesenteroides a pH 2, 3 y 4. Z8 muere al cabo de 3 horas a pH 2, mientras que el resto de cepas permanecen estables en el tiempo a los distintos pH.



Por tanto, debido a la capacidad de las cepas de L. mesenteroides encontradas en la leche de camello de inhibir el crecimiento de especies que pueden provocar enfermedades y su alta capacidad de sobrevivir en condiciones como las antes detalladas y que se dan en el sistema digestivo humano se considera que la leche de camello tiene un alto potencial como probiótico, a falta de investigaciones más profundas.



Artículo:
Technological Aptitude and Applications of Leuconostoc mesenteroides Bioactive Strains Isolated from Algerian Raw Camel Milk.
Zineb Benmechernene, Hanane Fatma Chentouf, Bellil Yahia, Ghazi Fatima, Marcos Quintela-Baluja, Pilar Calo-Mata, and Jorge Barros-Velázquez

https://www.hindawi.com/journals/bmri/2013/418132/



Realizado por:
Raquel Pastor Martín
Sonia Coves Mora
María Hernández Marín
Jésica Martínez Godfrey


miércoles, 22 de mayo de 2013

CÓMO PREVENIR LA HINCHAZÓN DEL QUESO A PARTIR DE BACTERIOCINAS

       El queso se elabora desde tiempos históricos a partir de la leche de mamíferos. Hoy en día, el queso forma parte de los alimentos que consumimos a diario, una fuente rica en numerosos nutrientes, que resulta exquisita para nuestro paladar. Por ello constituye una fuente de ingresos considerable, en la que juega un papel fundamental la biotecnología, ya que gracias a ella podemos conseguir elaborar quesos más apetecibles para todos los gustos. Empezando por evitar que el queso se deteriore, y para ello presentamos este trabajo, que trata de evitar la hinchazón de queso mediante el uso de bacteriocinas.

       La investigación realizada por Sonia Garde, Marta Ávila, Ramón Arias, Pilar Gaya y Manuel Núñez se ve reflejada en el artículo “Outgrowth inhibition of Clostridium beijerinckii spores by a bacteriocin-producing lactic culture in ovine milk cheese”. El artículo está orientado a la identificación de inhibidores de esporas de Clostridium beijerinckii INIA 63, productora de la hinchazón en el queso (causante de su mal estado). Para ello utilizamos especies como Lactococcus lactis, cuyas cepas tienen la capacidad de producir bacteriocinas, que son nuestras sustancias de interés. Esto constituye un método alternativo al uso de mecanismos físico-químicos convencionales para su eliminación.


 LA HINCHAZÓN DEL QUESO POR ESPORAS DE CLOSTRIDIUM




               La hinchazón produce cambios en la textura y el sabor del queso, generando grandes pérdidas económicas en la industria láctica.  Esto es producido por la fermentación del ácido butírico, en la cual se produce a partir de ácido láctico, ácido butírico, ácido propiónico y ácido acético, junto con un conjunto de compuestos volátiles los cuales son causantes del mal sabor y aspecto del queso.  Este tipo de fermentación es propia del género Clostridium, pero los investigadores de este trabajo se centran en Clostridium beijerinckii.

                Las esporas de Clostridium beijerinckii contaminan la leche durante los procesos de formación de esta, sobreviviendo a la pasteurización. Existen varios métodos para su eliminación como es la bactofugación, la microfiltración de la leche o la adición de nitratos y lisozimas, que resultan ser insuficientes. Por ello como alternativa se propone la hipótesis de ver si es efectivo el uso de bacterias lácticas bacteriocinogénicas (productoras de bacteriocinas). En concreto, en este estudio se utilizan dos cepas: Lactococcus lactis subsp INIA 415, la cual es productora de bacteriocina (PB), y Lactococcus lactis subsp INIA 415-2, la cual es un mutante no productora de bacteriocina (NPB).
CEPAS BACTERIANAS
A la hora de realizar el experimento se utilizan una serie de métodos y materiales. Para conocer cómo actúan las cepas de Lactococcus lactis  en la inhibición de las esporas de Clostridium beijerinckii, se prepararon cuatro cubas:
1.       Lactococcus lactis subsp INIA 415-2 (NPB) sin Clostridium beijerinckii
2.       Lactococcus lactis subsp INIA 415 (PB) sin Clostridium beijerinckii
3.       Lactococcus lactis subsp INIA 415-2 (NPB) con Clostridium beijerinckii
4.       Lactococcus lactis subsp INIA 415 (PB) con Clostridium beijerinckii
RESULTADOS
A partir de estos cuatro experimentos se pudieron obtener varios resultados. Se observó que en ausencia de Clostridium beijerinckii el queso no presentaba hinchazón, independientemente de la presencia o la ausencia de bacteriocinas. En cambio cuando están presentes podemos observar dos posibilidades. Cuando está inoculada junto a Lactococcus lactis subsp INIA 415-2 (NPB), el queso presenta hinchazón. Esto es debido a que al estar junto a una cepa no productora de bacteriocina, Clostridium beijerinckii puede realizar la fermentación del ácido butírico. Sin embargo cuando se inocula con Lactococcus lactis subsp INIA 415 (PB), no se observa la hinchazón del queso ya que al producirse bacteriocinas inhiben el crecimiento de las esporas de Clostridium beijerincki.
Vemos los resultados comentados anteriormente plasmados en la siguiente tabla.




            Dos aspectos importantes que nos quedan por remarcar son: la concentración del ácido láctico y los compuesto volátiles. Cabría esperar que la concentración de ácido láctico fuese constante en los quesos modelo pero en aquellos que están contaminados con esporas lo que observamos es que su cantidad es ocho veces menor que la esperada debido a fermentación del ácido butírico. En cuanto a los compuestos volátiles, 57 de ellos ya están presentes en los quesos, pero 23 de ellos se encuentran en mayor abundancia en presencia de Clostridium beijerinckii debido a su actividad metabólica. Ejemplos de esto compuestos volátiles son 2-propanol, butanal y 1-butanol etc, que son unos de los muchos causantes del mal olor y sabor del queso. Este fenómeno lo podemos observar en la siguiente gráfica.


CONCLUSIÓN
Como ya sabíamos, C. beijerinkii, es el causante de la hinchazón del queso, y hemos comprobado que en presencia de bacteriocinas el crecimiento de sus esporas se inhibe. Lactococcus lactis subsp INIA 415 (PB), parece un buen método para evitar la hinchazón de queso sin alterar sus características organolépticas.
FICHA BIBLIOGRÁFICA
-          “Outgrowth inhibition of Clostridium beijerinckii spores by a bacteriocin-producing lactic culture in ovine milk cheese”.
International Journal of Food Microbiology en Julio de 2011.
Sonia Garde, Marta Ávila, Ramón Arias, Pilar Gaya y Manuel Nuñez.
-          http://www.fedit.com/Spanish/DocumentosInformes/Portal/Publico/DocumentosEInformes/ObservatoriosIndustriales/Jornadas%20Difusi%C3%B3n%202008/Quimico_Tendencias_en_el_Uso_de_Biotecnologia.pdf
-          http://www.scielo.cl/scielo.php?pid=S0717-75182009000100007&script=sci_arttext

REALIZADO POR:
ANA CALDUCH ARQUES; PABLO CALVÉ PÉREZ; NOEMI CASTROVIEJO JIMÉNEZ; PAOLA LUCERO CALABUIG; GEMA VIVO LLORCA.
Etiquetas
Hinchazón, bacteriocinas, Clostridium, fermentación, ácido butírico, bacteriocinogénicas.

domingo, 3 de junio de 2012

Bacteriocinas en el queso


PRODUCTORES DE BACTERIOCINAS EN QUESO

Durante los últimos años, el consumidor se ha vuelto más exigente en cuanto a calidad y expectativas de un producto saludable y fresco. Para satisfacer al consumidor es necesario investigar y encontrar opciones que permitan obtener alimentos que ofrezcan características interesantes renunciando al uso de algunos conservantes artificiales que puedan estar cada vez más rechazados y favoreciendo el uso de sustitutos que sean capaces de mantener el alimento en buenas condiciones y sean aptos para el consumo.

 En ésto se basa el estudio realizado por los autores del artículo Bacteriocins produced by wild Lactococcus lactis strains isolated from traditional, starter-free cheeses made of raw milk, orientado a la identificación de bacterias productoras de bacteriocinas con el fin de inhibir una amplia gama de microrganismos, incluídos microorganismos patógenos, lo que ha abierto un nuevo campo de investigación para tratar a pacientes con cepas resistentes a los antibióticos ya existentes, y algunos causantes del deterioro de los alimentos.

Para ello intentaron determinar qué cepas son productoras de bacteriocinas, bajo qué condiciones, y de qué bacteriocinas en concreto. Además de identificar los genes implicados en la formación de estos compuestos.

El procedimiento experimental seguido por los investigadores fue el que sigue:

1.                  Identificación y clasificación de aislamientos de Lactococcus Lactis:

Se aislaron 306 muestras de cinco distintos quesos tradicionales españoles (Casín, Cabrales, Genestoso, Peñamellera y Valle del Narcea). Mediante REP y RAPD se identificaron 60 cepas distintas, cada una de ellas con una huella dactilar característica. A partir de estas cepas se identificaron diferentes subespecies de L. lactis, lactis y cremoris mediante ARDRA.




2.                  Actividad antimicrobiana de cepas de L. lactis:

Tras haber identificado los tipos de microorganismos presentes en los aislamientos se procedió a identificar aquellas cepas que tuvieran actividad antimicrobiana poniéndolas en contacto con bacterias indicadoras primero se realizó un agar spot test para ver qué bacterias indicadoras eran inhibidas por qué cepas de los aislamientos obtenidos de los quesos.

Para asegurar que esta información obtenida fuese correcta se realiza un well-difussion assay mediante el cual se obtuvo que el número de cepas que daban un resultado positivo para la actividad antimicrobiana se redujo a 17 cepas.


3.                  Identificación de los genes que codifican bacteriocinas por PCR:

Para poder determinar en qué cepas estaban los genes productores de bacteriocinas, y cuales eran producidas por cada cepa, se diseñaron cebadores complementarios a los genes que codifican para nisina, lacticinas y lactococcinas, y mediante PCR se amplificaron las secuencias del genoma de cada cepa que complementaba con dichos cebadores. Posteriormente se sometieron a electroforesis para determinar, según el tamaño de cada banda, qué bacteriocina codificaba cada cepa.








4.                  Producción de bacteriocina en medio industrial y en laboratorio:

Más tarde se pasó a cuantificar la actividad inhibitoria de la nisina, comparando la de la obtenida en el laboratorio, con la comercial y también en distintos medios.
Además del descubrimiento de bacterias nuevas, también es importante para identificar cepas productoras de cantidades mas altas de antimicrobianos (particularmente los de amplio espectro) para su aplicación comercial.

En conclusión, en este experimento se descubrieron 17 productores de bacteriocinas de las 60 cepas estudiadas, 11 de los cuales producen nisina, 5 lactococcina 972 y 1 lactococcina G.

Referencia bibliográfica:
Bacteriocins produced by wild Lactococcus lactis strains isolated from traditional, starter-free cheeses made of raw milk 
International Journal of Food Microbiology

  • Ángel Alegría, 
  • Susana Delgado, 
  • Clara Roces, 
  • Belén López, 
  • Baltasar Mayo

Realizado por:
Jose Miguel Crespo; Julieta G. Hamzé; Álvaro Herrero; Lara Romo